Hra se odehrává 25 let po událostech z datadisku prvního dílu s názvem "Forged Alliance". Po porážce Seraphimů se všechny tři frakce (UEF, Cybran, Aeon) sjednotili pod tzv. CDC (Colonial Defense Coalition). Ovšem nic netrvá věčně a vražda nově zvoleného prezidenta CDC znovu rozpoutá válku.

Druhý díl se nese v duchu zjednodušování. Ubylo budov, jednotek a i mapy jsou menší než v předchozím dílu. Kampaň obsahuje celkem osmnáct misí (šest za každou stranu), které se točí kolem velitelů ovládajících bojové velitelské mechy, jež se hráč zhostí.