Commandos: Behind Enemy Lines je singleplayer realtimeová taktická strategie. Děj se odehrává ve válečné Evropě, kde je skupina šesti spojeneckých Commandos nasazována na misí vyžadujících malé taktické skupiny. Každý člen Commandos má unikátní sadu schopností a nástrojů, které umožňují hráči vytvořit všestrannou skupinu.

Objekty misí jsou různé, od sabotáží až po osvobozování spojeneckých informátorů nebo tiché zneškodnění nepřítele.