Děj Risen 2: Dark Waters následuje několik let po událostech prvního dílu. Pokračování vrhne hráče do zničeného světa, kde řádící titáni zničili planetu a způsobili lidstvu téměř vyhynutí. Současně s tím se z hlubin moře vynořily obrovské vodní příšery, které začaly útočit a zastavily téměř veškerou námořní dopravu. Hrdina, nový člen inkvizice, je poslán, aby zjistil jak zastavit tento chaos způsobený monstry z hlubin moře.

Jeho úkol začíná s povídačkami, které znají jenom piráti jižních ostrovů. Spolu s novým pirátským prostředím, Risen 2: Dark Watres, kombinuje milované prvky RPG z originálního Risen spolu s novými tématy a prostředím nejrůznějších ostrovů. Risen 2: Dark Watres zůstává stále tou akční hrou jako předchozí titul.