Role se obrací. Organizace XCOM přechází do útoku. Potýká se však s omezenými zdroji a ze svého nového mobilního velitelství musí podnikat partyzánské výpady proti mimozemským jednotkám. Role se obrací. Organizace XCOM přechází do útoku. Potýká se však s omezenými zdroji a ze svého nového mobilního velitelství musí podnikat partyzánské výpady proti mimozemským jednotkám.

Hráče čeká kombinování hrubé palebné síly s tichým taktickým postupem, najímání nových vojáků pro XCOM a budování sítě odporu. Jen tak mohou dokázat odhalit zákeřné plány cizáků a zachránit lidstvo.