Hra má hluboký a temný příběh, který začíná bombardováním americké policejní agentury fiktivním drogovým kartelem. Při útoku dojde k devastaci agenturní budovy a zavraždění stovek lidí. Útok je překvapením, což Spojené státy vede k přesvědčení, že se členům kartelu nějakým způsobem podařilo infiltrovat federální agentury. USA v zoufalství skládají dohromady zvláštní údernou jednotku, jejímž cílem je drogový kartel rozprášit. Údernou jednotku tvoří Kim Evansová, agentka FBI, která byla dítětem ulice a gangů, Eddie Guerra, agent protidrogového oddělení a nenapravitelný gambler, a konečně Ben McCall, brutální detektiv policie Los Angeles, který je potomkem Bena McCalla, hrdiny původního Call of Juarez. Když úderná skupina hledá hlavu kartelu, musí se vyrovnat s různými výzvami, které je donutí cestovat z Los Angeles v Kalifornii, přes Arizonu a Nové Mexiko, až do mexického Juárez. Aby to nebylo tak snadné, mají Kim, Eddie i Ben vlastní osobní problémy a démony, kterým musí čelit, čímž vzniká základ pro komplexní adrenalinový herní zážitek.