Command & Conquer Red Alert 3: Uprising zavede hráče do doby po skončení gigantických bitev v Red Alertu 3, kdy se Sověti stále ztěžka vzpamatovávají z drtivé porážky, Impérium vycházejícího slunce zoufale touží pro znovuzískání ztracené cti, slávy a vítěztví.

Spojenci řeší problémy s korupcí a zrádcovstvím ve vlastních řadách. Kromě čtyř minikampaní – pro každou z frakcí plus jedné bonusové, zaměřené na okolnosti vzniku speciálního komanda Yuriko armády Impéria vycházejícího slunce – Command & Conquer Red Alert 3: Uprising premiérově obsahuje i nový mód Commander’s Challenge. V něm si hráč může ověřit své schopnosti v konfrontaci s devíti veliteli z různých oblastí světa a na různých úrovních obtížnosti v 50 originálních misích se specifickými pravidly a podmínkami.